El Comando Especial del VRAEM, entre otras misiones encomendadas también tiene como finalidad restaurar la seguridad y el orden interno en los Valles de los ríos Apurímac, Ene, Mantaro y Urubamba. Para cumplir dicha misión cuenta con el apoyo de los diferentes componentes subordinados como son: el  Componente Policial, Componente de Fuerzas Especiales, Componente Aéreo, Componente Terrestre y por último el Componente Naval del CE-VRAEM, que como parte del engranaje de las unidades de combate desplegadas en el área de responsabilidad, se encuentra comprometido con la Pacificación y Desarrollo Nacional, en estricto cumplimiento y respeto de los Derechos Humanos; para ello cuenta con sus diferentes Bases de Control Fluvial como Pichari, Boca Anapati, Puerto Ocopa, Quiteni, Ivochote y Camisea.

El Componente Naval del CE-VRAEM, como pieza importante y subordinado al Comando Especial del VRAEM, cumple entre tantas funciones tareas operacionales contando para ello con modernas unidades de interdicción y combate fluvial tipo Hovercratf, dando mayor flexibilidad para el transporte de los pelotones de combate y para poder realizar una mejor interdicción fluvial a bordo de estas unidades, contando para ello con personal especializado de Infantería de Marina y Guardacostas, los cuales conducen intervenciones a las embarcaciones, artefactos navales y otras con el fin de reprimir las actividades ilícitas, tales como el tráfico ilícito de drogas, tráfico ilegal de madera, trata y tráfico de personas y armas, entre otras lleva el empadronamiento de las diferentes embarcaciones y/o botes fluviales en toda la jurisdicción de los valles de los ríos Apurímac, Ene, Mantaro y Urubamba con el fin de tener un registro de las mismas.

Asimismo, lleva a cabo controles carreteros, patrullajes urbanos e interacción con la población mediante: acciones cívicas y sociales, cortes de cabello, atenciones médicas y odontológicas, charlas de higiene personal, shows infantiles y otros, en coordinación con el Comando Especial del VRAEM y el Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas.

Para alcanzar los objetivos operacionales de acercamiento y adhesión de la población el Componente Naval mediante sus bases interactúan activamente en los centros poblados menores y comunidades nativas de la jurisdicción, impartiendo charlas de índole cívico-militar, difundiendo el conocimiento de los símbolos y valores patrios, además de rememorar las efemérides heroicas nacionales y de nuestras FFAA.

Como complemento durante los operativos programados, el Componente Naval en apoyo al Comando Especial VRAEM realiza campañas de valores, dando charlas a la población sobre la importancia de llevar una conducta moral y ética elevada que tendrá repercusión social, dentro de un marco de respeto a las leyes, reglamentos y derechos humanos, remarcando, además las consecuencias legales que traen el involucramiento en ilícitos que solo conllevan al retraso y minan el futuro regional, especialmente el terrorismo y tráfico ilícito de drogas que generan un círculo vicioso degradante y degenerativo en la sociedad, además del impacto económico negativo y resultante relego del desarrollo.